1. تشخيص و اندازه‌گيری MiRNAهای سلولی 
MiRNAها به‌عنوان يکی از كليدهای تنظيمی فرايندهای گوناگونی مثل تكثير سلولی، مرگ سلولی، متابوليسم چربی‌‌ها و تمايز سلولی معرفی شده‌اند. توجه به اين نکته حائز اهميت است که در يوكاريوت‌های آلی نقش اين MiRNAها در بيان ژن به اندازه فاكتورهای رونويسی اهميت دارد. 
بررسي پروفايل بيان اين توالي‌ها در سلول، بيانگر ميزان نقش آن‌ها در تنظيم بيان ژن می باشد. تاکنون از تكنيك‌های فراوانی برای مشخص كردن الگوی بيان MiRNAها استفاده شده است، که به غير از ميكرواَری، بقيه تكنيك‌ها از كارايی كمتری برخوردار می‌باشند. محققين گروه بيولوژی مولکولی و مهندسی ژنتيک با طراحی روشی مبتنی بر اتصال قطعات کددار توسط ليگاز و تکثير آ‌ن‌ها با PCR توانسته‌اند ضمن دستيابی به روشی ساده، قابل اطمينان و ارزان جهت تشخيص MicroRNAهای مورد نظر ميزان حضور اين MiRNAها را نيز به‌صورت کمِی اندازه‌گيری کنند.

2. طراحی و ساخت وکتورهاي گزارش‌گر ويژة بافت 
وکتورهای بيانی ويژه بافت کاربردهای مهم و متعددی در تحقيقات بنيادين و استفاده‌های کلينيکی دارند. در حوزه سلول‌های بنيادی، وکتورهای ويژه بافت که بيان‌کننده ژن‌های گزارش‌گری چون پروتئين سبز فلوئورسنت (GFP) می‌باشند، قابل استفاده در پيگيری و مطالعة فرآيندهای تمايزی خواهند ‌بود. طراحي و ساخت وکتورهای گزارشگر به‌منظور استفاده در پاره‌ای از مطالعات مرتبط با سلول‌های بنيادی هدف اصلی اين گروه تحقيقاتی می باشد. درحال‌ حاضر ساخت وکتورهاي گزارش‌گر ويژه سلول‌هاي عصبی براي مطالعه زنده تمايز سلول‌های بنيادی جنينی و بالغين به سمت نورون‌های بالغ دستور کار اين تيم تحقيقاتی است.

3. تعيين نمايه MicroRNAهاي سلولي طي فرآيند پيري سلول‌هاي بنيادي 
سلول‌هاي بنيادي طي کشت‌هاي متعدد در آزمايشگاه (in-Vitro) و در مدل‌هاي حيواني (in-Vivo) با پير شدن حيوان تغيرات بيولوژيک از خود نشان مي‌دهند. اين تحقيقات سعي دارد که ضمن بررسي شاخص‌هاي پيري در سلول‌هاي بنيادي نماية MicroRNAهای آن را تعيين و MicroRNAهاي کليدي در اين مسير را مشخص سازد.  

4. تمايز سلول‌های بنيادی از طريق اعمال تغيرات ژنتيکی  
درحال حاظر فاکتورهای القاءکننده با فعال کردن مسيرهای تمايزی گوناگون، منجر به تمايز سلول‌های بنيادی می‌شوند. طی مطالعات انجام‌گرفته چرخه‌ها و شبکه‌های درگير در اعمال شرايط بنيادی و يا تمايزی و ژن‌های کليدی در اين مسيرها شناسايی شده‌اند. طی اين طرح سعی می‌شود با استفاده از دستکاری‌های ژنتيکی برروی اين ژن‌های مؤثر، مسير‌های تمايزی و يا بنيادی فعال و يا خاموش گردد.

بررسي پروفايل بيان اين توالي ها در سلول، بيانگر ميزان نقش آنها در تنظيم بيان ژن مي باشد. به اين صورت كه در يك سلول و در يك مرحله خاص miRNA هاي خاصي در تنظيم بيان نقش بازي مي كنند و در مرحله ديگر miRNA هاي ديگر. با تغيير سلول ميزان محتوي miRNAي آن نيز تغيير مي كند.بررسي پروفايل بيان تمام miRNA ها يك چالش بزرگ براي دانشمندان مي باشد. اين مطلب به دليل اندازه كوچك (در حدود 21 نوكلئوتيد) و شباهت ميان خانواده‌هاي مختلف miRNAها است.تا کنون از تكنيك هاي فراواني براي مشخص كردن الگوي بيان miRNAها استفاده شده است. که به غير از ميكرواري، بقيه تكنيك‌ها از كارايي كمتري برخوردار مي باشند. استفاده از پروب هاي راديواكتيو در برخي روش ها، استفاده ازآن تكنيك ها را محدود مي‌كند. بعلاوه برخي از اين روش ها بسيار زمان‌بر و گران مي‌باشند و همچنين نياز به نيروي ماهر دارند.تکنیک ميكرواري نیز بسيار گران مي‌باشد بنابراين بسياري از آزمايشگاه ها قادر به انجام آن نیستند.

تیم پروفایلینگ MiRNA  گروه بیولوژی مولکولی و مهندسی ژنتیک سعی دارد که با توسعه تکنيک هاي موثر و با تکيه بر شرايط بومي آناليز بيان miRNA ها به سهولت و با دقت بالا انجام پذيرد.

طراحي و ساخت وکتورهاي گزارشگر ويژه بافت براي استفاده در مطالعات مربوط به سلولهاي بنيادين

 طراحي و ساخت وکتورهاي گزارشگر ويژه‌ی سلول‌هاي بنيادين که تنها درحالت بنيادين (stem-state) بيان‌کننده‌ی ژن گزارشگر باشند از اهداف آتي اين تيم تحقيقاتي مي باشد. چنين وکتورهايي، ابزارهاي مطالعاتي ارزشمندي براي مطالعه و بهينه‌سازي شرايط جداسازي، کشت و نگهداري سلول‌هاي بنيادين خواهند‌بود. همچنين اين سازه‌ها در مطالعه و شبيه سازي ريزمحيط مغذي اطراف سلولهاي بنيادين در محيط طبيعي (niche) کاربردهاي منحصر به‌فردي خواهند‌داشت.