1-      جداسازي و تعيين ويژگي سلولهاي بنيادي شامل:

الف: سلولهاي بنيادي سوماتيک نا محدود از خون بند ناف

ب: سلولهاي بنيادي مزانشيمي و سلولهاي بنيادي خونساز از خون بند ناف

ج: سلولهاي بنيادي مزانشيمي و سلولهاي بنيادي خونساز از مغز استخوان ( موش، رت، خرگوش، گوسفند و انسان)

د: سلولهاي بنيادي مشتق از کليه موش و رت

ه: سلولهاي بنيادي مشتق از پالپ دندان انسان

و: سلولهاي بنيادي OEC

ز: سلولهاي بنيادي مشتق از استروماي چشم((conjectiva

2-      تشکيل بافت استخواني با استفاده از داربستهاي سه بعدي OsteoSet2DBM و بررسي در مدل حيواني

3-      تشکيل بافت غضروفي بر روي ساختارهاي نانوساختارسه بعدي از جنس PVAو PCL و بررسي در مدل حيواني

4-      ساخت patch سلولار قلبي هشت لايه به منظور ترميم بافت آسيب ديده قلبي در مدل MI گوسفند

5-      مهندسي بافت پوست بر روي مدلهاي حيواني: تلفيق بسترهاي زيست سازگار نانوساختار و سلولهاي بنيادي کراتينوسيت

6-      مهندسي بافت کبد با استفاده از سلولهاي بنيادي و نانو الياف زيست سازگار

گروه پژوهشی سلول‌های بنيادی و مهندسی بافت، اولين گروه تکوين‌يافته در شرکت فناوری بن‌ياخته می‌باشد كه فعاليت‌های پژوهشی خود را از ابتدای تأسيس شرکت آغاز نموده است. متخصصين اين گروه پژوهشی که بيشتر از حوزه‌های علوم پايه پزشکی شامل هماتولوژی، ايمونولوژی، بيوشيمی، بيوتکنولوژی پزشکی، فرآورده‌های بيولوژيک و ساير تخصص‌ها می‌باشند، با سازماندهی مناسب در زمينه‌های مختلف سلول‌های بنيادی مشغول به تحقيق می‌باشند. اين گروه جهت نيل به اهداف کوتاه‌مدت و بلند‌مدت مجموعه، ارتباط تنگاتنگی با ساير گروه‌های پژوهشی شركت دارد. نانوداربست‌های مورد نياز برای كشت سلول بر اساس پارامترهای مورد نياز توسط گروه بيومتريال و نانوتكنولوژی ساخته شده و پس از آنكه در محيط آزمايشگاهی تحت آزمون‌های مختلف ارزيابی خصوصيات بيولوژيك قرار گرفت، جهت مصارف پيوندی مختلف به‌كار می‌رود. همکاری گروه پژوهشی بيولوژی مولکولی و مهندسی ژنتيک نيز جهت تأييد مولکولی بافت‌های مهندسی‌شده، حياتی بوده و يکی از نقاط قوت مهم اين شرکت در نيل به اهداف خود می‌باشد.
مهم‌ترين محورهای پژوهشی اين گروه عبارتند از:

1. مطالعه بيولوژی انواع سلول‌های بنيادی شامل سلول‌های بنيادی جنينی، سلول‌های بنيادی مزانشيمی، سلول‌های بنيادی سوماتيك نامحدود، سلول‌های بنيادی خونساز و سلول‌های بنيادی ويژه بافت از منابع مختلف بيولوژيك شامل خون بند ناف، مغز استخوان و بافت‌های مختلف انسان، موش و رُت

2. مهندسی بافت استخوانی با هدف كاربرد در ترميم ضايعات استخوانی

3. مهندسی بافت پوست به‌منظور استفاده آتی از آن در سوختگی‌ها و مصارف زيبايی

4. مهندسی بافت کبد با استفاده توأم از سلول‌های بنيادی و نانوداربست‌های مناسب

5. طراحي و كار با بيوراكتورهاي ويژه جهت كشت سه‌بعدي، تكثير و تمايز سلول‌هاي بنيادي در شرايط كنترل‌شده

6. كشت سه‌بعدي سلول‌هاي بنيادي و محصولات تمايزيافتة آن برروي داربست‌هاي زيست‌سازگار و زيست‌تخريب‌پذير ساخته‌شده توسط گروه بيومتريال و نانوتکنولوژي با عنوان تجاري نانو اي‌سي‌ام و ديگر داربست‌هاي تازه طراحي‌شده و ارزيابي رفتار سلولي

7. انتقال هسته (Nuclear Transfer) در مدل موشي به‌عنوان مدل اوليه جهت دستيابي به شبيه‌سازي درماني(Cloning Therapy)

8. توليد موش‌هاي ترانس‌ژنيك با هدف نهايي توليد محصولات ترانس‌ژن

9. پژوهش مبتني بر استفاده از سلول‌هاي بنيادي جنيني، سلول‌هاي بنيادي مزانشيمي و سلول‌هاي شوآن در درمان ضايعات نخاعي